تبدأ أحداث الفيلم مع نهاية الجزء الأول عندما تمكن (ليو كانج)، وفريقه من الحصول على بطولة موريتال كومبات، وحماية الأرض من سيطرة (تشانج تسونج) عليها، وعندما يظن الجميع أن السلام قد حل، يأتى مقاتلون من عالم آخر بهدف السيطرة على الأرض لحساب (شاو خان)، وعلى الفريق أن يقاتلهم ويهزمهم قبل مرور ستة أيام.